科研产出
利巴韦林干预对肉鸡肠道微生物群落结构的影响
《南方农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨矮脚黄鸡口服利巴韦林后其肠道微生物群落结构多样性的变化情况,揭示抗病毒药物对动物肠道健康的影响机制,为科学禁用抗生素及开发绿色生态饲料提供理论依据。【方法】90日龄矮脚黄鸡按10 mg/kg的剂量连续口服利巴韦林溶液7 d（试验组）,以口服等量生理盐水为对照组,停药后收集4 h内的新鲜鸡粪。通过粪便基因组提取试剂盒提取鸡粪总DNA,根据细菌16S rDNA序列V3～V4可变区,设计通用引物338F和806R进行PCR扩增,然后参照Illumina MiSeq平台上机说明进行Illumina MiSeq高通量测序。【结果】从16个矮脚黄鸡粪便样品中共获得614626条原始序列（Raw reads）,经质量控制后获得606862条优质序列（Clean reads）,按97%的序列相似度进行OTU聚类分析获得968个OTUs,对照组和试验组共享624个OTUs。矮脚黄鸡肠道微生物群落丰富度指数（Chao1和ACE）表现为对照组显著（P<0.05,下同）或极显著（P<0.01,下同）高于试验组;在物种多样性方面,Simpson指数的组间差异不显著（P>0.05）,Shannon指数则表现为试验组显著高于对照组。对照组和试验组的矮脚黄鸡粪便样品均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌门,相对丰度均在5.00%以上;在属分类水平上,相对丰度大于0.10%的属共有108个,对照组和试验组均以乳杆菌属相对丰度最高,分别为34.07%和19.26%。矮脚黄鸡口服利巴韦林后,肠道中的乳杆菌属、肠球菌属、Paeniglutamicibacter、Tessaracoccus、埃希氏杆菌属、副球菌属、Gottschalkia及黄杆菌属呈显著或极显著下降趋势,而拟杆菌属、葡萄球菌属、叠球菌属、Jeotgalicoccus、Unclassifiedfrikenellaceae、Unclassifierobacteroidales、RikenellaceaeRC9gutgroup、明串珠菌属及丹毒丝菌属呈显著或极显著上升趋势。UniFrac-PCoA分析发现,第一主成分（PC1）和第二主成分（PC2）的贡献率分别为73.44%和6.99%,对照组和试验组间的微生物群落结构差异明显,彼此间可较好地区分开,但同处理组内的8个样品能很好地聚在一起,菌群相似度很高。【结论】口服利巴韦林会显著影响矮脚黄鸡肠道微生物区系,改变肠道微生物的稳态结构,进而导致其肠道健康受到损伤。
关键词： 矮脚黄鸡 利巴韦林 肠道微生物 丰富度 多样性 Illumina MiSeq高通量测序
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长期不同施肥条件下红壤性水稻土微生物群落结构的变化
《土壤学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：以位于江西省红壤研究所内长期定位试验的水稻土(始于1981年)为研究对象,运用磷脂脂肪酸(phospholipid fatty acid,PLFA)和BIOLOG分析技术研究了不施肥(CK)、单施化肥(NPK)及有机肥与化肥混施(NPKM)三种施肥方式对土壤微生物群落结构的影响。结果表明:长期施化肥和有机肥与化肥混施处理的PLFA总量均高于未施肥处理,两者分别较未施肥处理高91%和309%;PLFA主成分分析(PCA)显示施肥促进了土壤微生物群落结构的变化,其中NPKM处理增加了革兰氏阴性细菌(G-细菌)、真菌、放线菌和原生动物的数量,NPK处理增加了革兰氏阳性细菌(G+细菌)的数量,不施肥处理较施肥处理提高了真菌/细菌比例,CK和NPK处理的微生物群落结构更为相似;各施肥处理间土壤的AWCD值(平均每孔颜色变化率,average well color development,AWCD)表明,NPKM处理能够促进土壤微生物群落对碳源的利用能力,进而增加土壤中微生物的整体活性,而NPK处理减弱了土壤微生物的活性。代谢功能多样性分析同时表明,NPKM处理增加了微生物群落的多样性,而NPK处理使土壤微生物的多样性降低;土壤PLFA与土壤养分的相关性分析显示,土壤总PLFA量与土壤有机质和全氮呈极显著相关(p<0.01),与速效养分相关性不大。
关键词： 长期施肥 红壤性水稻土 磷脂脂肪酸 BIOLOG 微生物群落 多样性
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16S rRNA基因的PCR-DGGE技术分析茶尺蠖幼虫肠道细菌种群结构及多样性
《江西科学 》 2013
摘要：利用16S rRNA的PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术分析研究了茶尺蠖肠道内细菌的种类与多样性。通过对16S rRNA序列分析,从茶尺蠖野外种群肠道中鉴定了11种细菌,这些细菌分属于沃尔巴克氏菌(Wolbachia)、肠杆菌属(Enterobacter)、沙雷氏菌属(Serratia)、梭菌属(Clostridium)、肠球菌属(Enterococcus)、暂定类群EO1;其中以肠杆菌、沃尔巴克氏菌、沙雷氏菌属最为常见。另外,也鉴定了一种茶树叶绿体上的16S rRNA基因。茶尺蠖幼虫体内的共生菌多样性分析结果,将会为害虫综合治理提供一条全新的探索途径。
关键词： 茶尺蠖 肠道细菌 16S rRNA序列 变性梯度凝胶电泳 多样性
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华南野生大豆GmPAP1基因多样性分析
《大豆科学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：GmPAP1属低磷诱导基因,通过同源克隆测序,分析68份来源于华南亚热带地区江西、湖南、福建、广西等地野生大豆GmPAP1基因的多样性。与原基因序列GmPAP1(AF236108)比较,68份种质资源共有22个SNPs和6个Indels,22个SNPs中有13处发生转换,9处发生颠换,转换所占比例接近2/3,有14个发生了非同义突变,表明该基因在不同地区的大豆中具有较高的多样性。
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利用微卫星和线粒体DNA标记研究山羊群体间的遗传关系
《中国农学通报 》 2009 北大核心
摘要：利用微卫星和线粒体DNA分析山羊的遗传多样性及系统进化关系,用25个微卫星位点分析了安哥拉山羊、山东莱芜黑山羊、罕山白绒山羊、太行山羊及乌珠穆沁绒山羊这5个山羊品种的遗传多样性,利用共祖遗传距离的UPGMA聚类表明遗传距离和地理距离是一致的,如内蒙的罕山白绒山羊和乌珠穆沁绒山羊聚到一起。利用线粒体DNA分析安哥拉山羊、山东莱芜黑山羊、鲁北白山羊、太行山羊及乌珠穆沁绒山羊,揭示这5个山羊品种分成A和C2个支系,并进行了群体结构和群体扩张分析。通过比较2种分子标记的分析结果,发现利用微卫星来研究群体的遗传多样性及品种间的关系具有较高的准确性,而线粒体在研究群体系统进化具有一定的优势,在分析品种间关系方面可能不是理想标记。
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