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甘薯与牵牛EST资源的SSR信息分析

文献类型： 中文期刊

作者： 兰孟焦 1 ; 吴问胜 1 ; 王瑞珍 1 ; 赵朝森 1 ; 赵现伟 1 ;

作者机构： 1.江西省农业科学院作物研究所

关键词： 番薯属;甘薯;牵牛;EST;SSR信息

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2013 年 14 卷 05 期

页码： 954-959

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为挖掘番薯(Ipomoea)属EST-SSR资源,从NCBI数据库下载23406条甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)EST和62282条牵牛(Ipomoea nil(L.)Roth)EST,利用生物信息学软件预处理、去冗余、拼接后得到12812条无冗余的甘薯EST(6.70Mb)和28422条牵牛唯一序列(17.19 Mb)。对这些序列进行SSR搜索,在甘薯上获得328个SSR位点,出现频率为2.56%;牵牛上筛选到962个SSR位点,出现频率为3.38%。甘薯和牵牛EST-SSR具有多个共同特征:在SSR位点中,主要是二核苷酸重复类型,其次是三核苷酸重复;在二核苷酸重复中,出现最多的重复基序为AG/CT,其次是AT/AT;在三核苷酸重复中,主要基序是AAG/CCT;SSR位点的长度主要集中在20~22 bp。结果表明,搜索出的EST-SSR重复基序类型丰富、多态性潜能高,具有较高的开发和利用价值。

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