科研产出
利用IRAP技术揭示部分柿属种间遗传关系
《果树学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为了明晰柿属植物种间亲缘关系和探究逆转座子与该属植物倍性进化的相关性,【方法】以16种24份柿属植物为试材,利用IRAP(Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism)技术和UPGMA聚类分析。【结果】采自我国南热带的供试基因型独自成组,与其采集地域相吻合,反映了它们较古老的分类学地位;采自我国北亚热带和温带的基因型独立于南亚热带基因型组,含丰富的染色体倍性,且相互间混聚在一起,无明显地域趋同性,反映了该区域基因型间广泛的基因交流和适应性进化;从UPGMA聚类图反映的不同区域柿属基因型间的相对位置来看,逆转座子活性与其倍性进化及生态适应性间存在明显的相关性。【结论】采自我国南亚热带的柿属植物可能更加古老;逆转座子在柿属种间倍性进化过程中可能发挥了一定的作用。
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基于IRAP技术的磨盘柿变异单株鉴定
《果树学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：以已知亲子关系的柿品种、柿近缘种和磨盘柿标准品种为对照,对采自北京市房山区磨盘柿产区的部分变异单株进行了IRAP分析。结果表明,19条逆转座子引物中的4个(rtdk13-f5,rtdk16-r10,rtdk4-p3和rtdk2-p6)可将供试11份变异单株完全区分;供试变异单株间的相似系数在0.90～0.98(平均0.94),与磨盘柿标准品种的相似系数为0.91,大于种间和品种间相似系数,与芽变类型及其母株间的相似系数接近;聚类分析结果表明,变异单株与磨盘柿标准品种紧密相聚,分支模式与种间及品种间明显有别。因此,供试11份变异单株已发生部分遗传物质改变,且可能为磨盘柿芽变。IRAP可区分遗传背景高度相似的种质间的微小变异,可望在果树芽变鉴定中应用。
关键词： 柿 品种鉴定 亲缘关系 芽变 逆转座子分子标记 UPGMA
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内切酶接头引物对柿属SSAP分子标记扩增的影响
《江西农业大学学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：SSAP(sequence-specificam plification polymorphism,序列特异扩增多态性)是种质遗传多样性分析和系统进化研究的有力工具之一。根据10个SSAP引物组合对28份柿属基因型的扩增结果探讨内切酶因素对SSAP逆转座子分子标记扩增的影响。结果表明,在以MseI和EcoRI组合消化的SSAP反应系统,且均以3个碱基作为末端选择性碱基的前提下,MseI与逆转座子引物组合的SSAP扩增性能优于EcoRI与逆转座子引物组合。研究结果为有目的和高效选择内切酶引物进行植物种质资源SSAP分析提供参考。
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SSAP逆转座子分子标记在柿属植物遗传分析中的应用
《农业生物技术学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：对SSAP(特异序列扩增多态性;sequence-specific amplification polymorphism)在部分柿属植物种质鉴定和亲缘关系分析中的应用进行了研究,并对每个SSAP引物单独用于柿属植物遗传分析的性能作了探讨。基于5个逆转座子引物的25对SSAP引物组合在供试28份柿属(Diospyros L.)基因型中共扩增出1300个位点(多态位点93.38%),每对引物平均产生52个位点(含48个多态位点),表明SSAP是一种高多重比例系数(multiplex ratio)和高多态性的标记系统;经SSAP数据的UPGMA聚类和主坐标分析,原产中国、日本的柿种质(D.kakiThunb.)及柿的近缘种各自单独成组,该聚类结果与部分已知亲缘关系的试材十分吻合,表明SSAP技术可用于柿属植物亲缘关系研究。此外,在25对SSAP引物组合中筛选出3对具高信息含量的引物组合,将在柿属植物遗传关系研究中广泛应用。
关键词： 柿属植物 种质鉴定 亲缘关系 逆转座子 特异序列扩增多态性(SSAP)
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植物逆转座子引物开发应用中的逆转座子序列分离方法
《植物生理学通讯 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：文章介绍了作为植物逆转座子引物开发前提序列的逆转座子序列获得的几种方法:(1)通过同源克隆法获取逆转座子的基因序列以设计逆转座子基因序列特异引物;(2)通过筛选文库、聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)、搜寻核酸数据库、大片段重叠群测序分离全长逆转座子序列以开发逆转座子长末端重复(long terminal repeat,LTR)引物;以及利用(3)磁珠富集、(4)抑制PCR和(5)SiteFinding PCR等方法直接获得逆转座子的LTR序列以开发逆转座子LTR引物。
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