利巴韦林干预对肉鸡肠道微生物群落结构的影响

徐俊; 侯玉洁; 谢敏; 王梦芝; 邬磊; 费丹; 周瑶敏; 胡丽芳; 《南方农业学报 》 2021 北大核心 CSCD

摘要：【目的】探讨矮脚黄鸡口服利巴韦林后其肠道微生物群落结构多样性的变化情况,揭示抗病毒药物对动物肠道健康的影响机制,为科学禁用抗生素及开发绿色生态饲料提供理论依据。【方法】90日龄矮脚黄鸡按10 mg/kg的剂量连续口服利巴韦林溶液7 d（试验组）,以口服等量生理盐水为对照组,停药后收集4 h内的新鲜鸡粪。通过粪便基因组提取试剂盒提取鸡粪总DNA,根据细菌16S rDNA序列V3～V4可变区,设计通用引物338F和806R进行PCR扩增,然后参照Illumina MiSeq平台上机说明进行Illumina MiSeq高通量测序。【结果】从16个矮脚黄鸡粪便样品中共获得614626条原始序列（Raw reads）,经质量控制后获得606862条优质序列（Clean reads）,按97%的序列相似度进行OTU聚类分析获得968个OTUs,对照组和试验组共享624个OTUs。矮脚黄鸡肠道微生物群落丰富度指数（Chao1和ACE）表现为对照组显著（P<0.05,下同）或极显著（P<0.01,下同）高于试验组;在物种多样性方面,Simpson指数的组间差异不显著（P>0.05）,Shannon指数则表现为试验组显著高于对照组。对照组和试验组的矮脚黄鸡粪便样品均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌门,相对丰度均在5.00%以上;在属分类水平上,相对丰度大于0.10%的属共有108个,对照组和试验组均以乳杆菌属相对丰度最高,分别为34.07%和19.26%。矮脚黄鸡口服利巴韦林后,肠道中的乳杆菌属、肠球菌属、Paeniglutamicibacter、Tessaracoccus、埃希氏杆菌属、副球菌属、Gottschalkia及黄杆菌属呈显著或极显著下降趋势,而拟杆菌属、葡萄球菌属、叠球菌属、Jeotgalicoccus、Unclassified_frikenellaceae、Unclassifier_obacteroidales、Rikenellaceae_RC9_gut_group、明串珠菌属及丹毒丝菌属呈显著或极显著上升趋势。UniFrac-PCoA分析发现,第一主成分（PC1）和第二主成分（PC2）的贡献率分别为73.44%和6.99%,对照组和试验组间的微生物群落结构差异明显,彼此间可较好地区分开,但同处理组内的8个样品能很好地聚在一起,菌群相似度很高。【结论】口服利巴韦林会显著影响矮脚黄鸡肠道微生物区系,改变肠道微生物的稳态结构,进而导致其肠道健康受到损伤。

关键词： 矮脚黄鸡 利巴韦林 肠道微生物 丰富度 多样性 Illumina MiSeq高通量测序