科研产出
芝麻根系响应铝胁迫的比较转录组分析
《植物生理学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：利用两个对铝胁迫耐受性表现显著差异的芝麻（Sesamum indicum）品种‘金黄麻’（耐铝）和‘竹山白’（铝敏感）为实验材料,进行了铝胁迫下芝麻根系的高通量RNA测序和比较转录组分析,筛选响应铝胁迫的潜在候选基因,研究芝麻响应铝胁迫的分子机制。从16个转录组测序文库共获得137.57 Gb的clean data （干净数据）,平均每个样本获得8.60 Gb高质量序列。两个材料处理前和处理后的比较转录组分析中共鉴定到1 425个差异表达基因在胁迫处理后的‘金黄麻’中上调表达,上调差异倍数大于‘竹山白’,且铝胁迫后其表达水平大于‘竹山白’; 773个基因在胁迫处理后的‘金黄麻’中下调表达,下调倍数大于‘竹山白’,且铝胁迫后其表达水平小于‘竹山白’。基因本体（GO）富集分析的结果表明这些基因主要富集在与离子结合、膜组成成分和防御刺激应答反应有关的GO条目中。京都基因和基因组数据库（KEGG）富集分析的结果显示差异表达基因主要富集在次级代谢产物的生物合成途径、苯丙素生物合成途径和植物-病原菌互作途径。多个铝激活的苹果酸转运蛋白基因和过氧化物酶基因在富集通路中被鉴定到。差异表达基因荧光定量PCR的结果表明基因表达的变化趋势与转录组测序结果基本符合。这些结果将为进一步研究芝麻耐铝的分子机制奠定基础。
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基于转录组测序筛选鸡皮肤毛囊性状相关基因和关键通路
《华北农学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：旨在通过对崇仁麻鸡背部皮肤毛囊组织的转录组学分析,筛选关键的差异表达基因和信号通路,探讨鸡皮肤毛囊性状的分子调控机制.采用TRIzol法提取皮肤毛囊组织总RNA,通过Illumina平台进行转录组高通量测序(RNA-Seq).最后采用实时荧光定量的方法对转录组测序进行验证.研究结果如下:共筛选出了 3 856 个差异表达基因,在公鸡(BGB vs YGB)比较组合中筛选出了971 个差异表达基因,其中274 个表达上调,697 个表达下调.在母鸡(BMB vs YMB)比较组合中筛选出了3 529 个差异表达基因,其中1 477 个 上调,2 052 个下调.在公鸡、母鸡共同的差异表达基因中筛选出了3 个与皮肤毛囊性状有关的高表达基因KRT75、KRT6A和KRT14.在GO功能显著富集中,BGB vs YGB比较组合富集到了516 个GO term,BMB vs YMB比较组合富集到了1 020 个GO term,基因主要集中参与细胞黏附等活动.显著富集了多条KEGG通路,在BGB vs YGB比较组合中富集了 8 条显著的KEGG通路,在BMB vs YMB比较组合中富集了20 条显著的KEGG通路,筛选出了3 条关键通路Wnt信号传导途径、神经活性配体-受体调控通路和TGF-β调控通路.荧光定量结果显示,随机选取的5 个差异基因在皮肤毛囊中的表达与RNA-Seq走向趋势一致.综上所述,筛选的KRT75、KRT6A、KRT14 基因可能影响鸡皮肤毛囊性状;神经活性配体-受体调控通路、Wnt信号通路和TGF-β信号通路均是调控鸡皮肤毛囊性状的重要通路.
关键词： 崇仁麻鸡 皮肤毛囊 转录组测序 差异表达基因 信号通路 荧光定量
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