转录组测序(RNA-seq)策略及其数据在分子标记开发上的应用

李小白; 向林; 罗洁; 胡标林; 田胜平; 谢鸣; 孙崇波; 《中国细胞生物学学报 》 2013 北大核心 CSCD

摘要：新一代测序技术已经广泛应用于转录组的研究(即RNA-seq),其数据几乎涵盖了特定组织和特定时期的所有转录本.由于其高通量和低成本的优势,RNA-seq越来越受到研究者的青睐,特别是在那些缺乏基因组信息的物种上.在此综述中,讨论了RNA-seq的测序策略,包括物种遗传背景的考量,测序平台和数据拼接软件的选择.RNA-seq数据对于SSR和SNP等分子标记的开发是非常有用的,由于这些标记在相关物种中有很高的通用性,因此在比较作图中有其不可替代的优势.

关键词： 转录组 二代测序 分子标记 比较作图