科研产出
2015年~2020年江西地方鸡种禽圆环病毒2型流行病学调查与全基因组进化分析
《中国预防兽医学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为了解江西地区禽圆环病毒2型（AGV2）的流行情况及基因组的遗传进化关系，本研究利用PCR方法对2015年～2020年间采自江西各地区的1 372份地方鸡血清、粪便及内脏组织样品进行AGV2检测。结果显示，江西地区AGV2的阳性率为13.99%（192/1 372），其中育成鸡阳性率最高，为17.16%（98/571），且各生长阶段鸡AGV2阳性率均有逐年升高的趋势。从中选取12份AGV2阳性样品进行全基因组扩增，并对其全基因组序列和VP1蛋白序列进行同源性及遗传进化关系分析，同时对VP1蛋白线性抗原表位进行预测分析。结果显示：选取的12个AGV2全基因组之间的同源性为96.8%～99.8%，其中VP1基因序列的同源性在96.5%～99.9%，氨基酸序列同源性在99.4%～100%；遗传进化分析显示，12个AGV2全基因组分布于进化树的各分支，具有遗传多样性的特征；进一步分析发现AGV2 VP1蛋白氨基酸序列的突变并未导致VP1蛋白疏水性的改变，仅JX201601 VP1出现G36S突变，JX201802 VP1出现Q222R突变，致使VP1蛋白抗原性改变。本研究首次明确了江西地方鸡种中AGV2的流行状况和遗传演化特点，为江西地区AGV2感染的防控提供了重要数据支撑。
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甜瓜Dof家族全基因组鉴定与表达分析
《园艺学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：基于甜瓜全基因组数据信息,利用生物信息学方法对甜瓜Dof家族基因进行了全面鉴定和系统发育分析,并通过Real-time PCR方法检测了CmDof家族成员对模拟干旱(PEG6000)、盐和低温胁迫的应答。结果表明:在甜瓜中存在34个Dof基因,除1、5和7号染色体外其余染色体均有分布,发生11次染色体片段重复事件和2次串联重复事件,外显子数在1～3之间,其蛋白质等电点在4.95～9.59之间;蛋白序列系统发育分析显示CmDof蛋白可分为9个进化亚群;组织表达模式分析发现该家族基因具有一定的时空表达特异性;多数CmDof基因对PEG6000、盐和低温胁迫有响应,其中CmDof3/CmDof5/CmDof10/CmDof17、CmDof3/CmDof5/CmDof10和CmDof3/CmDof5/CmDof32分别响应PEG6000、盐和低温胁迫。
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