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甜瓜Dof家族全基因组鉴定与表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张焕欣 1 ; 李国权 1 ; 杨惠栋 1 ; 曹娜 1 ; 朱方红 1 ;

作者机构： 1.江西省农业科学院园艺研究所

关键词： 甜瓜;Dof;基因家族;进化分析;表达特性

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2019 年 46 卷 11 期

页码： 2176-2187

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 基于甜瓜全基因组数据信息,利用生物信息学方法对甜瓜Dof家族基因进行了全面鉴定和系统发育分析,并通过Real-time PCR方法检测了CmDof家族成员对模拟干旱(PEG6000)、盐和低温胁迫的应答。结果表明:在甜瓜中存在34个Dof基因,除1、5和7号染色体外其余染色体均有分布,发生11次染色体片段重复事件和2次串联重复事件,外显子数在1～3之间,其蛋白质等电点在4.95～9.59之间;蛋白序列系统发育分析显示CmDof蛋白可分为9个进化亚群;组织表达模式分析发现该家族基因具有一定的时空表达特异性;多数CmDof基因对PEG6000、盐和低温胁迫有响应,其中CmDof3/CmDof5/CmDof10/CmDof17、CmDof3/CmDof5/CmDof10和CmDof3/CmDof5/CmDof32分别响应PEG6000、盐和低温胁迫。

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[1]与植物镉吸收转运相关的主要基因家族. 张标金,张祥喜,罗林广. 2013

[2]2015年~2020年江西地方鸡种禽圆环病毒2型流行病学调查与全基因组进化分析. 张帆帆,傅金根,黄奕雯,罗士仙,涂凌云,方绍培,吴玲,张危红,康冬柳,康昭风. 2022

[3]转录组和蛋白组联合揭示甜瓜响应涝害胁迫的分子机制. 张焕欣,闫承璞,李国权,张新龙,曹娜,乐美旺,朱方红,刘文革. 2024

[4]甜瓜CmCRL1的克隆与表达分析. 张焕欣,曹娜,杨惠栋,李国权,朱方红. 2019

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