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基于重测序的'金兰柚'基因组InDel标记的开发及应用

文献类型： 中文期刊

作者： 汤雨晴 1 ; 杨惠栋 1 ; 闫承璞 1 ; 王斯妤 1 ; 王雨亭 1 ; 胡钟东 1 ; 朱方红 1 ;

作者机构： 1.江西省农业科学院园艺研究所

关键词： 柚;重测序;InDel标记

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2023 年 001 期

页码： 15-26

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 基于重测序进行金兰柚全基因组InDel标记开发。利用二代测序技术对‘金兰柚’进行全基因组重测序,运用BWA软件将测序得到的片段与参考基因组序列进行比对,利用严格的参数筛选杂合InDel,结合Primer 3.0设计扩增引物,进行PCR扩增并利用琼脂糖凝胶电泳验证,以重测序材料‘金兰柚’和47份柚品种检测其有效性。在全基因组范围内共筛选出81对扩增条带清晰的引物。筛选出的多态性标记涵盖了整个‘金兰柚’基因组,平均每条染色体上9个。选取的24对InDel标记可以将48份柚品种有效区分,最少使用2对引物就可将‘金兰柚’与其他47份柚品种完全区分。利用UPGMA构建48份柚品种的聚类树状图,在遗传相似系数为0.611的阈值处可将48个柚品种分为3大类群。本研究中的InDel标记带型简单易读,适宜柚DNA指纹图谱构建和品种鉴定,可为柚名优品种保护、原产地溯源管理等提供科学依据。

  • 相关文献

[1]东乡野生稻与日本晴多态性标记的开发. 马小定,唐江红,张佳妮,崔迪,李慧,黎毛毛,韩龙植. 2019

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