科研产出
甘薯与牵牛EST资源的SSR信息分析
《植物遗传资源学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为挖掘番薯(Ipomoea)属EST-SSR资源,从NCBI数据库下载23406条甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)EST和62282条牵牛(Ipomoea nil(L.)Roth)EST,利用生物信息学软件预处理、去冗余、拼接后得到12812条无冗余的甘薯EST(6.70Mb)和28422条牵牛唯一序列(17.19 Mb)。对这些序列进行SSR搜索,在甘薯上获得328个SSR位点,出现频率为2.56%;牵牛上筛选到962个SSR位点,出现频率为3.38%。甘薯和牵牛EST-SSR具有多个共同特征:在SSR位点中,主要是二核苷酸重复类型,其次是三核苷酸重复;在二核苷酸重复中,出现最多的重复基序为AG/CT,其次是AT/AT;在三核苷酸重复中,主要基序是AAG/CCT;SSR位点的长度主要集中在20~22 bp。结果表明,搜索出的EST-SSR重复基序类型丰富、多态性潜能高,具有较高的开发和利用价值。
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EST辅助的甘蓝型油菜显性核不育AFLP标记转化
《作物学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：甘蓝型油菜显性核不育广泛应用于轮回选择和杂种优势利用,不育基因标记的开发与应用对于基因克隆和育种实践具有重要意义。基于AFLP标记SA12MG14的序列信息,从拟南芥整合数据库中,检索与标记序列同源的甘蓝型油菜EST,结合标记和EST序列设计特异引物,转化成新的SCAR标记。获得的SCAR标记S6B3,具有很高的检测稳定性,在回交群体Popu2上分析验证,结果与AFLP标记完全一致。该标记与不育基因相距0.3cM,将其用于临保系同源的纯合型不育系选育,可有效提高育种工作效率。
关键词： 甘蓝型油菜 显性核不育 EST AFLP SCAR
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