甘薯与牵牛EST资源的SSR信息分析

兰孟焦; 吴问胜; 王瑞珍; 赵朝森; 赵现伟; 《植物遗传资源学报 》 2013 北大核心 CSCD

摘要：为挖掘番薯(Ipomoea)属EST-SSR资源,从NCBI数据库下载23406条甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)EST和62282条牵牛(Ipomoea nil(L.)Roth)EST,利用生物信息学软件预处理、去冗余、拼接后得到12812条无冗余的甘薯EST(6.70Mb)和28422条牵牛唯一序列(17.19 Mb)。对这些序列进行SSR搜索,在甘薯上获得328个SSR位点,出现频率为2.56%;牵牛上筛选到962个SSR位点,出现频率为3.38%。甘薯和牵牛EST-SSR具有多个共同特征:在SSR位点中,主要是二核苷酸重复类型,其次是三核苷酸重复;在二核苷酸重复中,出现最多的重复基序为AG/CT,其次是AT/AT;在三核苷酸重复中,主要基序是AAG/CCT;SSR位点的长度主要集中在20~22 bp。结果表明,搜索出的EST-SSR重复基序类型丰富、多态性潜能高,具有较高的开发和利用价值。

关键词： 番薯属 甘薯 牵牛 EST SSR信息