科研产出
甘蓝型油菜种子硫苷含量全基因组关联分析
《生物技术通报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：[目的]挖掘与种子硫苷含量显著关联的SNP位点及候选基因,有助于油菜品质改良和培育高品质油菜品种.[方法]以 300 份甘蓝型油菜自交系为材料,考察了江西农业大学试验地和江西省红壤及种质资源研究所试验地2 种环境下种子硫苷含量,采用前期开发的 201 817 个SNP(single nucleotide polymorphism,SNP)标记对油菜种子硫苷含量进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),搜寻显著位点两侧 100 kb范围内的候选基因并进行功能注释.[结果]300 份甘蓝型油菜种子硫苷含量在两地均表现出表型差异;基于一般线性模型和混合线性模型检测到 209 个硫苷含量显著关联SNP位点,其中两地两种方法重复检测到 41 个SNP位点,分别在A05(1 个)、A09(36 个)、C09(4 个)3 条染色体上.候选基因功能注释结果显示,有 8 个候选基因参与硫苷生物合成途径(GO:0019761),包含调控硫苷合成相关基因MYB28(BnaC09g05290D、BnaC09g05300D)、MYB34(BnaA09g05480D)和编码硫苷转运蛋白 2 相关基因(BnaA09g06180D、BnaA09g06190D).[结论]通过两种方法在两地检测到多个与硫苷显著关联的SNP位点,并在显著性位点附近挖掘到相关候选基因,研究结果有助于解析甘蓝型油菜硫苷含量的遗传变异,为低硫苷含量油菜新品种的遗传改良提供基础.
关键词： 甘蓝型油菜 硫苷 全基因组关联分析 MYB转录因子 硫苷转运蛋白2
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甘蓝型油菜每角果粒数全基因组关联分析
《生物技术通报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为挖掘甘蓝型油菜每角果粒数显著关联单核苷酸多态性（SNP）位点及相关候选基因。本研究以300份甘蓝型油菜自交系为试验材料，对甘蓝油菜每角果粒数进行一年两地表型考察，并结合该群体前期开发的201 817个SNPs标记，采用一般线性模型（GLM）和混合线性模型（MLM）进行全基因组关联分析（GWAS），此外，对性状显著关联SNP位点两侧100 kb区域内相关候选基因进行功能预测。300份甘蓝型油菜每角果粒数在两地均表现出广泛的表型变异，筛选出2份每角果粒数较多的油菜种质资源。基于GLM模型检测到39个与油菜每角果粒数显著关联SNPs，采用MLM分析发现，两地共检测到的3个每角果粒数显著关联SNPs位点均在GLM检测到。8个位点附近找到CIK,ERF022和EDE1等19个拟南芥已报道角果籽粒发育相关的同源基因。研究结果有助于解析甘蓝型油菜每角果粒数的遗传基础，为研究每角果粒数的调控机制、指导每角果粒数的遗传改良奠定基础。
关键词： 甘蓝型油菜 全基因组关联分析 每角果粒数 SNP位点 同源基因
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