科研产出
基于SLAF-seq技术鉴定甘蓝型油菜叶缘裂刻性状候选基因
《植物遗传资源学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：叶缘裂刻性状是甘蓝型油菜遗传育种的理想形态标记。叶缘裂刻性状变异材料的创建对丰富甘蓝型油菜叶片形态和优良品种改良至关重要。本研究以甘蓝型油菜常规品种中双11和甘蓝型油菜叶缘裂刻新品系Y176为亲本(通过甘蓝型油菜与菜远缘杂交获得),从F2群体中分别挑选出叶缘裂刻和正常叶形的植株各50株,构建了两个极端性状混池DNA文库,借助SLAF-seq-BSA技术,挖掘甘蓝型油菜叶缘裂刻性状相关候选基因。共开发出177941个SLAF标签,通过分析SLAF标签的多态性,共获得150168个SNP,其中亲本间共获得128200个SNP。对ED方法和SNP-index方法得到的关联区域进行综合分析,获得1个与目标性状紧密关联的候选区域,位于甘蓝型油菜A10染色体上的14528149～17353693区域,总长度为2.83 Mb,约有666个编码基因。与前人研究定位在同一染色体上,但本研究定位的区间与前人研究不同,说明本研究存在控制叶缘裂刻新基因的可能性大。并对该区域内基因进行功能注释,其中666个注释到NR数据库;517个注释到SwissProt数据库;587个注释到GO数据库;151个注释到KEGG通路;258个注释到COG数据库,对候选基因进行注释有助于进一步分离相关基因。
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东乡野生稻的粒形相关QTL分析
《杂交水稻 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：以东乡野生稻/协青早B∥协青早B的回交自交系群体为遗传材料,利用简化基因组测序技术鉴定群体的SNP分子标记基因型,对东乡野生稻的粒形相关性状进行QTL分析。在水稻第1,3,4,5,10,12号染色体上共发现14个粒形相关QTL,包括6个粒长QTL(q GL1、q GL3.1、q GL3.2、q GL4、q GL10.1、q GL10.2)、2个粒厚QTL(q GT5、q GT10)和6个粒重QTL(q KGW3、q KGM4、q KGW5、q KGW 10.1、q KGW10.2、q KGW12)。其中q GL3.1与q KGW3、q GT5与q KGW5、q GL4与q KGM4、q GL10.1与q KGW10.1以及q GL10.2、q GT10与q KGW10.2定位区间重叠,推测这些QTL具有一因多效特性。加性效应最大的粒长QTL即q GL3.1(q KGW3)被定位在第3染色体的粒形基因GS3的区域中,且q GL3.1与GS3都是控制粒长的主效QTL,推测q GL3.1就是GS3基因。而在q GL3.1区域附近还存在粒长QTL q GL3.2,该位点与已克隆的粒长QTL即GL3.1在位置上重叠,推测q GL3.2可能就是GL3.1/Os PPKL1基因。
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