科研产出
利用高密度SNP芯片分析杭猪的群体遗传结构
《畜牧兽医学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：旨在更好地了解杭猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构，有效保护和利用杭猪遗传资源。本研究使用50K SNP芯片对30头杭猪（4头公猪，26头母猪）保种个体进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）测定，通过Plink软件对获得的基因型数据进行质控，用于最小等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量的计算，分析杭猪保种群的遗传多样性；使用Plink计算连续性纯合片段（runs of homozygosity, ROH）、构建状态同源（identity by state, IBS）距离矩阵，并计算得到基于连续性纯合片段的近交系数；采用Gmatrix软件构建G矩阵，分析杭猪保种群的亲缘关系；使用Mega X软件构建公猪进化树，分析保种群体的家系结构。结果表明，30头杭猪共得到57 466个SNPs标记，平均检出率为0.988 3±0.000 4,通过质检SNPs数为34 156;平均最小等位基因频率为0.228±0.137,平均多态信息含量为0.255±0.098;平均观察杂合度为0.359±0.181,平均期望杂合度为0.314±0.140。杭猪保种群体平均IBS遗传距离为0.241 7±0.033 6,公猪平均IBS遗传距离为0.178 3±0.025 5;G矩阵分析结果与IBS距离矩阵一致，两个结果均表明杭猪保种群部分个体之间亲缘关系较近。30头杭猪个体共检测到828个ROHs, 83.33%的ROH长度在10 Mb以内，平均长度为（6.96±9.62）Mb,个体ROH平均总长度为（191.95±201.56）Mb。基于ROH的平均近交系数为0.078±0.082,其中公猪平均近交系数为0.219±0.082,说明杭猪保种群整体的近交程度不严重，但公猪存在近交。进化树结果表明，杭猪保种群体目前只有2个家系，其中1个家系包含4头公猪，另一个家系不含公猪。综上所述，杭猪保种场的保种群公猪的血缘数量少，母猪近交程度低，公猪存在近交，需要引入新血统或创建新血统来维持家系结构的平衡以利于杭猪遗传资源的长期保存，防止杭猪遗传多样性的丢失。
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猪ISG15基因表达、多态性及其与繁殖性状的关联分析
《江西农业大学学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]明确干扰素刺激基因15(ISG15)在猪不同妊娠时期母胎界面中的表达规律,分析ISG15基因多态位点在中外猪种中的遗传多样性及与繁殖性状的关联性,拟为揭示ISG15基因在猪繁殖功能中发挥的作用提供重要数据.[方法]利用实时荧光定量PCR方法检测ISG15基因在大白猪妊娠15,26,50 d子宫内膜和绒毛膜中的表达水平变化,通过测序比对筛选ISG15基因多态位点,采用PCR-RFLP方法检测多态位点在大白、梅山猪、清平猪、通城猪、大花白猪中的遗传多样性,并利用SPSS19.0分析ISG15基因多态位点与繁殖性状的关联性.[结果]ISG15基因在妊娠26 d子宫内膜和绒毛膜组织中表达水平均显著高于妊娠50 d(P<0.01),并于第二外显子中存在一个NM_001128469.3:c.301A>G同义突变位点.该位点在5个猪品种群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态,但在地方猪种中,c.301A>G位点处于低度多态,以AA基因型为主,而在大白群体中,c.301A>G位点则处于中度多态,以AG基因型为主.进一步进行繁殖性状关联分析,结果显示,在大白经产母猪群体中,AA基因型母猪在总产仔数和产活仔数方面均显著高于AG基因型和GG基因型母猪(P<0.05).[结论]ISG15基因在妊娠早期母胎界面中表达,其c.301A>G位点基因型在中外猪种中呈差异分布,且与产仔数性状显著性相关,暗示ISG15基因可能参与猪产仔数性状的调控.
关键词： 猪 ISG15基因 表达水平 遗传多样性 关联分析
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江西省芝麻地方种质表型性状遗传多样分析
《南方农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]对江西省芝麻地方种质资源进行表型性状遗传多样分析,为江西芝麻种质资源的有效利用及开发提供理论参考.[方法]依托"第三次全国农作物种质资源普查与收集行动"从江西省39个县(市、区)收集到的132份芝麻地方种质为试验材料,对其23个表型性状(12个质量性状和11个数量性状)进行测定,并计算遗传多样性指数和变异系数.同时,对11个数量性状进行相关分析,并对供试种质进行聚类分析.[结果]23个表型性状的平均遗传多样性指数为1.2821,其中,12个质量性状的遗传多样性指数为0.3217~1.0307,平均0.7290;11个数量性状的变异系数为4.70%~43.58%,遗传多样性指数为1.6138~2.0627,平均1.8855.3种粒色类型芝麻种质中,以46份白芝麻种质表型性状的平均遗传多样性指数最高,为1.3602,74份黑芝麻种质和12份其他粒色(黄色、褐色、黄褐色、红褐色等)芝麻种质表型性状的平均遗传多样性指数分别为1.1782和1.0476.生育期与株高、始蒴高度、蒴果长、千粒重和蛋白含量呈极显著正相关(P<0.01,下同),但与含油量呈极显著负相关.供试的132份芝麻种质资源可分为四大类,不同类群种质的来源地存在地理位置的交错分布现象,其中,第Ⅰ类群可作为潜在选育芝麻高含油量新品种的亲本材料,第Ⅱ类群可作为潜在高产优良芝麻材料利用,第Ⅲ类群可作为潜在矮杆株型的亲本材料,第Ⅳ类群可作为潜在的高蛋白型亲本材料加以利用.[结论]江西芝麻地方种质资源的主要表型性状变异较大,遗传多样性较丰富,其中以46份白芝麻种质的遗传多样性更丰富.种质间亲缘关系与地理来源无必然联系.以高产高蛋白为育种目标时应选择株高较高,始蒴高度适中、蒴果较大、千粒重较高的材料为亲本,并据此进行后代选择.
关键词： 芝麻 江西 地方种质资源 表型性状 遗传多样性 聚类分析
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新“三品一标”背景下的南昌农业品牌发展研究
《农村农业农民 》 2022
摘要：农产品的品质直接决定着市场品牌价值和影响力,而农业品牌又是产品质量安全和信誉的载体.农业生产新"三品一标"(品种培优、品质提升、品牌打造和标准化生产)提升行动同时对农产品品质保障和农业品牌建设提出了新要求.本文着重分析了江西省南昌市农业品牌的发展现状和经验做法,剖析出农业品牌基础不够牢、优质品牌数量不很足、企业品牌意识不太强、品牌建设力度不够足等突出问题.综合考虑本区域的农业资源禀赋、产业基础和市场需求,提出做大做强做优农业品牌的策略建议:突出产品品质特色,夯实品牌建设基础;推行标准化生产,加强品牌监管提质;分区打造品牌精品,建立"洪字号"品牌体系;开展补链延链强链,推进产业纵深发展;实施多维营销策略,提升品牌传播效能.
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43份芦笋种质资源遗传多样性评价
《江苏农业科学 》 2022 北大核心
摘要：从国内外收集43份芦笋种质，利用多重分析，研究了芦笋种质资源的遗传多样性。结果表明：15个农艺及品质性状变异系数为8.03%～53.90%,Simpson多样性指数Ds为0.279 1～0.850 2,该批芦笋种质资源具有较为丰富的遗传多样性。多重分析显示芦笋总产量与优质笋产量、商品笋产量极显著极强正相关，与株高极显著极强正相关，与茎粗、生育指数、第二主茎株高、第一分枝高度和优质笋率极显著中等正相关；上述性状的改良有利于快速提升芦笋品质。主成分分析显示，前4个主成分因子累计贡献率为79.121%,主成分综合评价将43份种质分为4个群集，聚类分析将其也分为4个群集，第Ⅰ群集综合性状一般种质；第Ⅱ群集低产、株型矮小、晚出笋种质；第Ⅲ群集高产、株型高大、早出笋种质；第Ⅳ群集高产、株型高大、出笋特早种质。2种评价方法比较发现，获得的优良种质结果基本一致。
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苦瓜种质资源遗传多样性分析及抗枯萎病种质筛选
《南方农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析江西地方苦瓜种质农艺性状的遗传多样性，为苦瓜抗枯萎病品种选育及遗传改良提供参考。【方法】2018—2020年分别在江西不同地点开展苦瓜表型性状和枯萎病抗性鉴定，分析其遗传多样性，并对其进行聚类分析和相关分析，筛选出商品性佳且抗枯萎病种质。【结果】多年多地表型性状和病害的综合鉴定表明，55份苦瓜种质表型性状具有丰富的变异，遗传多样性指数（H’）的变幅为0.091～2.122，其中第一雌花节位的H’最高，商品瓜横径和商品瓜纵径的H’次之。聚类分析将供试种质资源分成四大类群，第Ⅰ类群种质早熟且综合农艺性状优异，可用于苦瓜品种早熟、高产改良；第Ⅱ类群多为江西地方古老种质；第Ⅲ类群瓜形美观，符合江西省消费习惯，可用作改良苦瓜商品性的亲本材料；第Ⅳ类群多为野生型苦瓜，果实较小，可用作观赏和提取功能性物质。在16个表型性状中，除瓜面光泽外，其他性状间均存在显著（P<0.05）或极显著（P<0.01，下同）相关，其中单瓜重与瓜横径和瓜纵径均呈极显著强相关，说明提高苦瓜产量可从改良瓜横径等性状着手。主成分分析结果表明，5个主成分因子对表型变异累积方差贡献率达77.544%。枯萎病抗性试验鉴定出高抗材料4份，抗病材料18份，中抗材料5份，感病材料10份，以及高感材料18份。【结论】江西地方苦瓜种质资源具有丰富的遗传多样性，育种潜力巨大，可将单瓜重、瓜纵横径、肉厚和瓜瘤大小等性状作为产量性状进行改良，以第一雌花节位和雌花数作为早熟性状进行筛选。
关键词： 苦瓜 表型性状 遗传多样性 枯萎病抗性 聚类分析 主成分分析
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我国主栽皱环球盖菇菌株遗传多样性及栽培特性
《菌物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：对我国皱环球盖菇Stropharia rugosoannulata 20个主栽菌株进行了ISSR标记遗传多样性分析,使用的28个ISSR引物中22个具有多态性,UPGMA聚类分析显示遗传相似性水平在0.68–0.86之间,在0.72时可将菌株分为6个类群,类群间遗传差异较大。在PDA培养基上,除菌株Sr-03和Sr-05最适生长pH值为8.0外,其他菌株均为pH 5.0–6.0;在5–30℃的温度范围内,除菌株Sr-01、Sr-08、Sr-11在30℃时长速受到抑制外,其他菌株长速随温度升高而加快,但在35℃时仅有5个菌株在培养20d时具有活性;皱环球盖菇菌丝在以木屑为主的原种培养料中长速较慢,为0.73–1.08mm/d。在菌株的农艺性状比较中,菌株Sr-12的菇型比例最好、产量最高,生物学效率达98.09%,菌株Sr-08和Sr-12菇体硬度较大,菌盖颜色与其他菌株差异显著,菌株Sr-19和Sr-20的菌褶颜色较其他菌株差异较大。本研究筛选出了7个具有遗传差异的优异种质,产量高、抗逆性强,并在菇型、菌盖颜色、菌褶颜色等农艺性状上具有较大的差异,可为皱环球盖菇育种及遗传研究提供菌株选择。
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基于分子标记的江西省芝麻地方种质遗传多样性分析
《浙江农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为进一步评价"第三次全国农作物种质资源普查与收集行动"中江西收集的132份芝麻地方种质资源的遗传多样性,明确其遗传基础和群体分类特点。利用筛选获得的28对简单重复序列（simple sequence repeat, SSR）引物和26对相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism, SRAP）引物组合对132份江西芝麻地方种质进行遗传多样性研究。结果显示,28对SSR引物共扩增DNA条带265条,其中,多态性条带221条,比例为83.40%,平均每对引物扩增的DNA条带和多态性条带分别为9.46条和7.89条。26对SRAP引物组合扩增得到DNA条带和多态性条带分别为601条和268条,多态性比例为44.59%,每对引物可扩增9～36条DNA条带和2～23条多态性条带,平均每对引物扩增的多态性条带为10.31条。132份种质的遗传相似系数为0.598 2～0.960 7,平均为0.813 5,可见总体的遗传多样性不丰富。6个不同地理区域的芝麻遗传相似系数从北至南呈逐渐下降趋势,赣南区域的地方种质遗传多样性较赣北区域丰富;不同粒色类型比较结果显示,其他粒色芝麻类型（黄色、褐色、黄褐色、红褐色等）的遗传多样性最丰富,其次是白芝麻类型和黑芝麻类型。聚类分析结果表明,来源不同的芝麻种质呈区域性聚集特点,种质间的遗传相似性与地理分布距离有一定的关联,来自赣北和赣东的芝麻种质资源因在亲缘关系上更近而被聚为一类,其余区域聚为一类,这与总体聚类结果基本一致。不同粒色类型中,区域来源不同的种质均相互交错,其聚类结果与地理来源无直接关联。在今后芝麻种质收集工作中,应注重赣南与其他粒色种质的利用,扩展江西乃至我国芝麻品种遗传基础。
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茄子种质资源表型性状分析与遗传多样性评价
《热带作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为有效利用茄子种质资源,基于17个表型性状对113份茄子种质进行鉴定与遗传多样性分析。结果表明:供试材料具有较为丰富的遗传多样性,变异系数变幅为8.2%～62.3%,平均32.7%,果形指数变异系数最大（62.3%）,商品果光泽变异系数最小（8.2%）;Shannon-Weaver遗传多样性指数为0.12～2.03,平均1.32,以始花节位最高（2.03）,商品果光泽最低（0.12）。相关性分析表明株高、主茎高与始花节位互为正相关,熟性与主茎高、株高、始花节位正相关,与单果重负相关。主成分分析将17个性状提取为6个主因子、累计贡献率为70.936%,包含了全部指标的大部分信息;通过计算综合得分,有9份材料综合表现优良（F>0.8）,可作为优势亲本材料加以利用。聚类分析显示,在遗传距离23.5处,将供试的113份种质资源划分为4个类群,第Ⅰ类群包含30份种质,多为早熟、紫黑色棒形果实;第Ⅱ类群包含26份种质,以中晚熟、果实紫红色棒形种质为主;第Ⅲ类群包含22份种质,平均果型指数最小,主要为紫色扁圆形或卵圆形果;第Ⅳ类群包含35份种质,大部分为中晚熟种质。本研究结果可为茄子种质资源的高效利用提供有益参考。
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