科研产出
利巴韦林干预对肉鸡肠道微生物群落结构的影响
《南方农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨矮脚黄鸡口服利巴韦林后其肠道微生物群落结构多样性的变化情况,揭示抗病毒药物对动物肠道健康的影响机制,为科学禁用抗生素及开发绿色生态饲料提供理论依据。【方法】90日龄矮脚黄鸡按10 mg/kg的剂量连续口服利巴韦林溶液7 d（试验组）,以口服等量生理盐水为对照组,停药后收集4 h内的新鲜鸡粪。通过粪便基因组提取试剂盒提取鸡粪总DNA,根据细菌16S rDNA序列V3～V4可变区,设计通用引物338F和806R进行PCR扩增,然后参照Illumina MiSeq平台上机说明进行Illumina MiSeq高通量测序。【结果】从16个矮脚黄鸡粪便样品中共获得614626条原始序列（Raw reads）,经质量控制后获得606862条优质序列（Clean reads）,按97%的序列相似度进行OTU聚类分析获得968个OTUs,对照组和试验组共享624个OTUs。矮脚黄鸡肠道微生物群落丰富度指数（Chao1和ACE）表现为对照组显著（P<0.05,下同）或极显著（P<0.01,下同）高于试验组;在物种多样性方面,Simpson指数的组间差异不显著（P>0.05）,Shannon指数则表现为试验组显著高于对照组。对照组和试验组的矮脚黄鸡粪便样品均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌门,相对丰度均在5.00%以上;在属分类水平上,相对丰度大于0.10%的属共有108个,对照组和试验组均以乳杆菌属相对丰度最高,分别为34.07%和19.26%。矮脚黄鸡口服利巴韦林后,肠道中的乳杆菌属、肠球菌属、Paeniglutamicibacter、Tessaracoccus、埃希氏杆菌属、副球菌属、Gottschalkia及黄杆菌属呈显著或极显著下降趋势,而拟杆菌属、葡萄球菌属、叠球菌属、Jeotgalicoccus、Unclassifiedfrikenellaceae、Unclassifierobacteroidales、RikenellaceaeRC9gutgroup、明串珠菌属及丹毒丝菌属呈显著或极显著上升趋势。UniFrac-PCoA分析发现,第一主成分（PC1）和第二主成分（PC2）的贡献率分别为73.44%和6.99%,对照组和试验组间的微生物群落结构差异明显,彼此间可较好地区分开,但同处理组内的8个样品能很好地聚在一起,菌群相似度很高。【结论】口服利巴韦林会显著影响矮脚黄鸡肠道微生物区系,改变肠道微生物的稳态结构,进而导致其肠道健康受到损伤。
关键词： 矮脚黄鸡 利巴韦林 肠道微生物 丰富度 多样性 Illumina MiSeq高通量测序
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74份江西黑芝麻地方种质的遗传多样性分析
《江西农业学报 》 2021
摘要：基于10个表型性状及其筛选获得的28对SSR引物,对74份江西黑芝麻地方种质进行了遗传多样性研究和聚类分析。结果表明:10个表型性状的遗传多样性指数变化范围为1.4071～2.0453,变异系数范围为8.56%～40.64%;非主产区种质的遗传多样性指数和变异系数均高于主产区种质的;聚类分析将74份黑芝麻种质分为4个类群,类群Ⅰ属于矮秆高油型种质资源,类群Ⅱ属于高油高蛋白的优异种质,类群Ⅲ属于每蒴多粒特异种质,类群Ⅳ属于高秆高蛋白的特异种质;28对SSR引物共扩增DNA条带265条,其中多态性条带222条,多态性比率为83.77%;基于SSR的74份黑芝麻地方种质资源间的遗传相似系数在0.3901～0.9238,平均0.7042;非主产区种质的分子遗传多样性较主产区种质更丰富;基于SSR的聚类分析发现,主产区与非主产区种质多数交错聚集,种质间的遗传相似性与地理分布距离无直接的关联。
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头季稻氮肥运筹对再生稻根际机能及产量的影响
《中国水稻科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】再生稻是头季稻生长的延续。本研究尝试从根际微生态系统的变化来阐明机械化栽培下头季稻氮肥管理对头季-再生季水稻产量形成的影响,为再生稻高产高效栽培提供参考。【方法】以"甬优1540"为材料,通过2年的田间试验,在头季总施氮量（225.00kg/hm2）不变的前提下,设置头季不同氮肥运筹处理,分析了机械化栽培下再生稻产量、根系伤流强度、根际土壤酶活性及其微生物多样性的变化特点。【结果】头季前氮后移施肥处理（N1、N2）有助于根系保持较高活力,尤其在头季生长中后期N1处理（基肥∶一次分蘖肥∶二次分蘖肥∶孕穗肥=3∶1∶2∶4）根系伤流强度比对照（N0）和当地常规施肥处理（N4）显著提高;N1处理两季总产量最高,2年平均达17 351.23 kg/hm2,比当地常规施肥处理（N4）提高了23.00%。土壤酶活性分析表明,蔗糖酶活性在头季齐穗期表现为N2>N1>N3>N4>N0,之后则表现为N1>N2>N3>N4>N0;过氧化氢酶与硝酸还原酶活性在头季生长期均表现为N1>N2>N3>N4>N0;脲酶活性从头季齐穗期至再生季齐穗始终表现为N1>N2>N3>N4>N0;各生育时期土壤酶活性与根系伤流强度间均呈显著或极显著正相关。细菌16S rDNA测序表明,施肥与不施肥处理细菌群落结构多样性差异显著,N1处理细菌Chao1指数和香农指数显著高于其他处理。菌群结构分析表明,施肥处理增加了与土壤碳氮循环、有机质含量及抗逆性密切相关的细菌数量,尤其是N1、N2处理硝化螺旋菌属相对丰度较高,有利土壤氮素循环。【结论】机械化栽培下,头季氮肥适当后移有利于再生稻根际微生态系统的改善,从而提高根系活力,促进水稻生长,获得两季水稻的高产。
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彩叶桂新品种'紫嫣公主'遗传多样性的AFLP和SSR分析
《江西农业学报 》 2020
摘要：以长叶木犀为对照,采用AFLP和SSR方法,研究了彩叶桂花(Osmanthus fragrans)新品种'紫嫣公主'与其他木犀的遗传关系.筛选出55对AFLP引物和17个SSR,分别产生了1103个和45个扩增产物,其中多态性占AFLP的92.29%,占SSR的62.2%.在群体水平上,有效等位基因的数量从0.76到1.11不等,Shannon指数从0到0.11不等,表明桂花品种的遗传基础较窄.'紫嫣公主'与其他桂花品种的遗传相似性在0.58~0.80.UPGMA聚类分析结果表明,'紫嫣公主'属于银桂品种群.本研究结果可为桂花种质资源的保护和新品种选育提供新的分子依据.
关键词： 桂花 紫嫣公主 AFLP分子标记 SSR分子标记 遗传多样性 多态性
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中国普通野生稻重要农艺性状的遗传多样性研究
《植物遗传资源学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)是水稻(O.sativa L.)的野生近缘种,是水稻遗传改良的重要资源.本研究以覆盖除云南外的中国普通野生稻分布区的1777份种质资源为对象,进行抽穗期、花药长度、粒长、粒宽和粒重5个重要农艺性状的遗传多样性、主成分和方差分析.结果 表明,中国普通野生稻具有丰富的遗传多样性,抽穗期、花药长度、粒长、粒宽和粒重的变异系数分别是6.36%、17.10%、7.32%、8.86%和15.90%,多样性指数分别是1.30、1.47、1.45、1.39和1.33.主成分分析表明第1和第2主成分主要与产量性状有关,累计贡献率达到83.31%;第3主成分主要与抽穗期有关,前3个主成分的累积贡献率约为95.46%.主成分分析结合聚类分析,发现普通野生稻群体可以分成3个类群,类群1主要来自江西和湖南,类群2主要来自于广西和广东大部分区域和福建,类群3主要来自于海南和广东南部区域的湛江市,样品的聚类关系和地理位置成正相关.以地理群为因素对5个重要农艺性状进行方差分析,结果显示花药长度、抽穗期和粒长变异在不同地理群间的变异占总变异的比例分别为69.09%、57.98%和77.56%,而粒宽变异所占比例为6.20%,花药长度、抽穗期和粒长变异在普通野生稻地理群间差异起决定作用.
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不同贮藏条件下鸡胸肉特征腐败菌分析
《食品与机械 》 2019 北大核心
摘要：以宁都黄鸡新鲜鸡胸肉为对象,对4℃真空贮藏、4℃托盘贮藏和25℃托盘贮藏3种方式下生鲜鸡肉菌落总数变化、挥发性盐基氮(TVB-N)值变化和鸡肉表面细菌多样性变化进行了分析。结果显示,4℃托盘贮藏方式下的鸡胸肉理化指标在第7天超过标准要求,4℃真空贮藏方式下的鸡胸肉理化指标在11d的试验期内均在标准要求范围内,25℃托盘贮藏方式下的鸡胸肉理化指标第2天就超过标准要求。细菌多样性分析结果显示,4℃托盘贮藏7d时,鸡胸肉表面细菌以假单胞菌(99.45%)为主;4℃真空贮藏11d时,鸡胸肉表面细菌以假单胞菌(81.08%)和乳酸菌(6.93%)为主;25℃托盘贮藏3d时,鸡胸肉表面细菌以假单胞菌(60.23%)和肠杆菌(28.54%)为主。结合理化特征和表面细菌多样性变化规律分析,确定4℃托盘贮藏和4℃真空贮藏鸡肉中的特征腐败菌均为嗜冷细菌假单胞菌,25℃托盘贮藏的特征腐败菌包括肠杆菌、芽孢杆菌、梭菌和肠球菌。
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黑龙江省部分育成粳稻资源的遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了阐明黑龙江省不同育种单位育成粳稻间的亲缘关系,本研究利用45对SSR多态性分子标记对收集于黑龙江省8个育种单位的104份粳稻资源的遗传多样性和群体结构进行了分析。结果表明,上述标记能够高效鉴别参试材料的多样性水平,共检测到154个等位基因,每个位点检测等位基因(Na)变异范围为2～8,平均为3.42;基因多样性指数(H)变异范围为0.02～0.77,平均为0.38;多态性信息含量(PIC)变异范围为0.02～0.73,平均为0.34。进一步分析发现,黑龙江省农业科学院黑河分院育成材料的遗传多样性水平较高,平均多态性信息含量(PIC)为0.33,而东北农业大学育成材料的多样性水平较低,平均多态性信息含量(PIC)为0.18。UPGMA聚类和遗传结构分析表明,黑龙江省农业科学院黑河分院材料与其他单位材料间亲缘关系较远,而黑龙江省农垦科学院水稻研究所与黑龙江省农业科学院佳木斯水稻研究所的材料间亲缘关系则较近。建议在今后的育种中,应该加强引入亲缘关系较远的外单位水稻种质资源用作杂交亲本,以期丰富本地区粳稻的遗传多样性水平。
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辣椒核心种质遗传多样性及群体结构分析
《分子植物育种 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：基于SSR标记对200份辣椒核心种质材料进行了遗传多样性及群体结构分析.结果表明,61对SSR引物共扩增出298条多态性条带,平均每对引物检测到4.9条;200份辣椒核心种质的多态信息量(PIC)变幅为0~0.684 8,平均值为0.349 1;香农指数(Shannon-Wiener, I)变幅为0~1.560 6,平均值为0.767 4;基因多样性(Gene diversity)变幅为0~0.728 8,平均值为0.401 7,说明所构建的核心种质具有较为丰富的遗传多样性.采用遗传距离聚类法、群体结构分析法和主坐标分析法对供试材料进行分类,200份核心种质材料分别分成5个类群、3个亚群和2个类群,三种分类结果互相验证,具有较好的一致性.群体结构分析显示,182份供试材料Q≥0.6,说明这些种质材料血缘较纯;另有18份种质Q<0.6,说明其遗传背景相对复杂,具有2个或2个以上亚群的遗传成分,应用这些种质开展辣椒品种改良或杂交配组时,应充分考虑其遗传构成.研究结果为辣椒核心种质的有效利用提供了理论指导.
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基于AFLP和SSR分子标记的两个优良彩叶桂品种遗传多样性分析（英文）
《Agricultural Science & Technology 》 2019
摘要：两种彩叶桂新品种"紫嫣公主"和"虔南桂妃"其叶片颜色渐变,观赏期较长,可在我国多地作园林观赏栽培。该文利用AFLP和SSR分子标记,以长叶木犀为对照品种,研究了"紫嫣公主"、"虔南桂妃"与其他桂花品种之间的亲缘关系。共筛选出55对AFLP引物和17对SSR引物,分别获得了1 103个扩增片段和45个扩增片段,其中AFLP的多态性比率为92.29%,SSR的多态性比率为62.20%。在群体水平上,有效等位基因数变化范围为0.76~1.11,Shannon信息指数变化范围为0~0.11,揭示桂花品种的遗传基础较窄。遗传相似性分析表明"紫嫣公主"与其他桂花品种的相似性系数在0.61~0.80之间,"虔南桂妃"与其他桂花品种的相似性系数在0.57~0.67之间。UPGMA聚类结果表明,"紫嫣公主"可能属于银桂品种群;但"虔南桂妃"单独聚为一类,遗传变异较大。研究结果为种质资源保护和新品种选育提供了新的分子依据。
关键词： 桂花 AFLP分子标记 SSR分子标记 亲缘关系 多态性
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一些柿属样本遗传多样性的SSAP标记分析
《江西农业学报 》 2019
摘要：利用SSAP分子标记对53份柿属样本(26个南方柿、19个北方柿和8个柿属近缘种)开展了遗传多样性分析,并通过扩增产物的条带统计得到了UPGMA聚类图。结果表明:某些地域性柿品种具有相近的亲缘关系,显示出一定的地域特征,但地域之间也存在交错,本研究不能从该聚类图上划分出南方柿与北方柿的分界线;柿品种的起源和进化明显受到了人工选择和商品化交流的影响,栽培品种的遗传多样性趋于狭窄(总体相似系数在0.75以上,多数类群内的相似系数在0.80以上。);探讨柿的起源和进化不能局限在栽培品种上,还应包含宝贵的野生资源和古树资源。
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