科研产出
基于分子标记的江西省芝麻地方种质遗传多样性分析
《浙江农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为进一步评价"第三次全国农作物种质资源普查与收集行动"中江西收集的132份芝麻地方种质资源的遗传多样性,明确其遗传基础和群体分类特点。利用筛选获得的28对简单重复序列（simple sequence repeat, SSR）引物和26对相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism, SRAP）引物组合对132份江西芝麻地方种质进行遗传多样性研究。结果显示,28对SSR引物共扩增DNA条带265条,其中,多态性条带221条,比例为83.40%,平均每对引物扩增的DNA条带和多态性条带分别为9.46条和7.89条。26对SRAP引物组合扩增得到DNA条带和多态性条带分别为601条和268条,多态性比例为44.59%,每对引物可扩增9～36条DNA条带和2～23条多态性条带,平均每对引物扩增的多态性条带为10.31条。132份种质的遗传相似系数为0.598 2～0.960 7,平均为0.813 5,可见总体的遗传多样性不丰富。6个不同地理区域的芝麻遗传相似系数从北至南呈逐渐下降趋势,赣南区域的地方种质遗传多样性较赣北区域丰富;不同粒色类型比较结果显示,其他粒色芝麻类型（黄色、褐色、黄褐色、红褐色等）的遗传多样性最丰富,其次是白芝麻类型和黑芝麻类型。聚类分析结果表明,来源不同的芝麻种质呈区域性聚集特点,种质间的遗传相似性与地理分布距离有一定的关联,来自赣北和赣东的芝麻种质资源因在亲缘关系上更近而被聚为一类,其余区域聚为一类,这与总体聚类结果基本一致。不同粒色类型中,区域来源不同的种质均相互交错,其聚类结果与地理来源无直接关联。在今后芝麻种质收集工作中,应注重赣南与其他粒色种质的利用,扩展江西乃至我国芝麻品种遗传基础。
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ESM1基因对崇仁麻鸡生长性状的影响
《中国畜牧杂志 》 2020 北大核心
摘要：本研究利用崇仁麻鸡差异性状的重测序结果,筛选与其生长性状相关的SNP、SV和InDel等位点或结构信息并进行大群验证。结果发现:内皮细胞特异性分子-1(ESM1)基因在崇仁麻鸡群体中检测到3个多态位点,对崇仁麻鸡的生长性状有着显著或极显著影响。ESM1基因在崇仁麻鸡的多个组织中均能检测到表达,经软件预测发现,ES-3位点变异可能会引起ESM1蛋白结构或功能的变化。研究结果表明,ESM1基因对崇仁麻鸡的生长性状有一定影响,但能否作为崇仁麻鸡生长性状的分子标记还需要进一步的确认。
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一些柿属样本遗传多样性的SSAP标记分析
《江西农业学报 》 2019
摘要：利用SSAP分子标记对53份柿属样本(26个南方柿、19个北方柿和8个柿属近缘种)开展了遗传多样性分析,并通过扩增产物的条带统计得到了UPGMA聚类图。结果表明:某些地域性柿品种具有相近的亲缘关系,显示出一定的地域特征,但地域之间也存在交错,本研究不能从该聚类图上划分出南方柿与北方柿的分界线;柿品种的起源和进化明显受到了人工选择和商品化交流的影响,栽培品种的遗传多样性趋于狭窄(总体相似系数在0.75以上,多数类群内的相似系数在0.80以上。);探讨柿的起源和进化不能局限在栽培品种上,还应包含宝贵的野生资源和古树资源。
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水稻线粒体特异序列在细胞质多态性鉴定中的应用
《基因组学与应用生物学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为了开发一套用于水稻细胞质多态性鉴定的分子标记,本研究通过对已测序的4个水稻线粒体基因组CW-CMS、LD-CMS、Nipponbare和9311线粒体基因组进行比较分析,获得55个大于100 bp的线粒体特异序列,并开发出一套水稻线粒体特异序列分子标记。该套分子标记稳定可靠,在对随机选择的23个水稻品种的线粒体组型鉴定中,共有24个线粒体特异标记扩增出多态性,使用UPGMA法聚类分析,在相似系数为0.46,可以将23水稻品种分为2大类群,其中第一大群可分为两个小类群,类群Ⅰ为粳稻聚类群,该类群大部分为粳稻品种,同时也有2个籼稻品种,推测这两个品种细胞质来源于粳稻;类群Ⅱ包含两个籼稻品种,与粳稻的细胞质亲缘关系较近;而第二大聚类群全部为籼稻品种,大部分品种间多态性丰富。因此,该套水稻线粒体特异序列标记可用于水稻细胞质多态性鉴定分析,同时该类型分子标记的开发对于其他物种的细胞质多态性鉴定具有指导意义。
基于分子标记的园艺作物核心种质构建研究进展
《辣椒杂志 》 2016
摘要：分子标记能够在DNA水平上直接反映生物个体或种群间基因组中的某种特异性差异,且不受作物生长发育阶段及环境的影响,利用分子标记技术构建核心种质已成为作物种质资源领域研究的热点。概述了基于分子标记的果树、蔬菜、观赏植物等园艺作物核心种质构建研究进展、应用现状和存在的主要问题,探讨了今后园艺作物核心种质的发展方向,即加快园艺作物种质资源的基础数据、鉴定数据和评价数据的收集,采用多种数据相结合的分析方法,共同构建园艺作物核心种质,从而提高对园艺作物种质资源管理和利用水平。
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转录组测序(RNA-seq)策略及其数据在分子标记开发上的应用
《中国细胞生物学学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：新一代测序技术已经广泛应用于转录组的研究(即RNA-seq),其数据几乎涵盖了特定组织和特定时期的所有转录本.由于其高通量和低成本的优势,RNA-seq越来越受到研究者的青睐,特别是在那些缺乏基因组信息的物种上.在此综述中,讨论了RNA-seq的测序策略,包括物种遗传背景的考量,测序平台和数据拼接软件的选择.RNA-seq数据对于SSR和SNP等分子标记的开发是非常有用的,由于这些标记在相关物种中有很高的通用性,因此在比较作图中有其不可替代的优势.
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植物逆转座子引物开发应用中的逆转座子序列分离方法
《植物生理学通讯 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：文章介绍了作为植物逆转座子引物开发前提序列的逆转座子序列获得的几种方法:(1)通过同源克隆法获取逆转座子的基因序列以设计逆转座子基因序列特异引物;(2)通过筛选文库、聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)、搜寻核酸数据库、大片段重叠群测序分离全长逆转座子序列以开发逆转座子长末端重复(long terminal repeat,LTR)引物;以及利用(3)磁珠富集、(4)抑制PCR和(5)SiteFinding PCR等方法直接获得逆转座子的LTR序列以开发逆转座子LTR引物。
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